O primeiro nome desta terra foi Anacetaba em alusão ao povo originário Anacé que habitava a região. Depois, recebeu o nome de São Gonçalo em homenagem ao eclesiástico português que deu relevância à localidade de Amarante em Portugal.
Com o Decreto-Lei a nomenclatura de São Gonçalo do Amarante torna-se oficial.
Gentílico: Gonçalense.
